Livsmedelsverkets föreskrifter kan i vissa fall avvika från EU-förordningar. Det regleras dock på flera olika ställen vilka avvikelser vi kan föreskriva om, så man måste titta på den enskilda frågan för att kunna bedöma om det är tillåtet eller inte. Exempelvis står det i vissa EU-förordningar att medlemsstaterna får meddela undantag från eller göra anpassningar för vissa utpekade bestämmelser. Det kan även finnas stöd för att anta avvikande regler om det t.ex. är motiverat med hänsyn till människors liv och hälsa.

Varken nya eller ändrade föreskrifter behöver godkännas av EU-kommissionen. Det finns dok föreskrifter där det ställs nationella krav på produkter eller tjänster, som går utöver EU-lagstiftningen, som kan behöva anmälas till EU-kommissionen innan de antas. Även om det inte är fråga om ett formellt godkännande kan EU-kommissionen lämna synpunkter  som leder till att förslaget bör ändras eller inte genomföras. Detta gäller oavsett om det är fråga om nya eller ändrade föreskrifter. Kommerskollegium är den myndighet som är bäst lämpad att besvara frågor om anmälningsförfarandet. Det finns även vissa specialregler i livsmedelslagstiftningen där man följer en annan typ av anmälningsförfarande.

Det finns inte något krav på att EU ska upplysas om myndighetens föreskrifter generellt. Utöver anmälningsförfarandena som beskrivs ovan ska medlemsstaten även informera om hur direktiv genomförts i den nationella lagstiftningen. En sådan upplysning skickas efter att föreskrifterna som genomför direktivet har beslutats.

EU-förordningar är direkt tillämpliga och ska inte tas in i nationella bestämmelser. Det är bara regler som kompletterar eller på annat sätt avviker från EU-förordningarna som det får föreskrivas om på nationell nivå. Direktiv måste däremot införlivas i nationell rätt för att bli tillämpliga.